论文查重软件在学术文献管理中的深度整合是指将查重软件应用于学术文献管理的全过程，包括论文提交、审核、发表等环节，以确保文献的原创性和质量。通过查重软件的检测，可以避免抄袭和剽窃行为，提高学术研究的可信度。

学术文献管理中的深度整合指的是将论文查重软件应用于文献管理的各个环节，包括投稿、审稿、发表等阶段，以确保文献的原创性和质量。通过查重软件的检测，可以有效防止抄袭和剽窃行为，提高学术研究的可信度和质量。